四川
上篇文章寫到西班牙總督根據傳教士使團在明朝福建一帶的交往中作出準備6000西班牙士兵和1.2萬名呂宋土著與征召5000名日本浪人征服明朝全國的計劃破產后，又積極派出大量間諜奸細刺探明朝沿海海防建設，駐軍，武器使用，并完成了《閩粵沿海要塞圖》《閩粵沿海測繪圖》等系列情報，此類文件現藏于西班牙塞維利亞 (Seville)西印度群島總檔案館 (AGI)，馬德里西班牙國家圖書館，埃斯科里亞爾修道院圖書館。
那么明朝方面又如何進行部署呢，由于當時主要任務還是防御北邊的蒙古和東北逐漸出現的女真部落，相對于南方沿海陌生的外來國家不是很感興趣，但對其使用的武器戰艦被錦衣衛千戶林必秀詳細記錄并奏報，經內閣六部討論后，還是覺得有必要加強沿海軍事建設與武器更新和鞏固海防要塞。
這時期福建漳州月港進口商品種類從1575年的55種增至1615年的115種，《東西洋考》所錄更達140種之多。除少量手工業品外，絕大多數為海外土特產與奢侈品：香料類有胡椒、檀香、沉香等；珍品類有象牙、犀角、玳瑁等；食品類有燕窩、海參等。胡椒年輸入量約2000噸，占印尼胡椒總產量的六分之五，如此豐厚的貿易利潤，民間要求全面開海聲音越來越高，但本地豪族極其反對，朝廷只好拖延，同時為了更好控制地方，內閣中央根據其貿易與海外紅毛番騷擾必須要求建立一條新的海防防線并增加軍寨。
明朝為有效管理月港貿易，特設海澄縣，并創設“督餉館”（后改稱“海防館”），建立了一套全新的管理機制“餉稅制”，一改傳統的朝貢貿易體系，轉而向出海商船征收關稅，包括“水餉”（按船只大小征收）、“陸餉”（按貨物價值征收）和“加增餉”（對前往呂宋等地的商船的特列征稅）。
廣東方面：新增饒門，虎門，北海，合浦，龍門水寨等炮臺，重新增設分守參將，用來提高行政級別和駐軍規模，實行東路防倭防盜，西路防黎防番，加強瓊州海峽的控制，構筑了大陸——近海島嶼——南海的三層防御體系。
福建方面：明朝在設置的澎湖巡檢司大規模新建軍營，增加定期巡哨，多次從金門出發，前至澎湖和臺灣海峽巡邏，很快又修建了烽火臺和銃城（炮臺），安裝了大型佛郎機炮，防止海盜與紅毛番突入月港。并在福建最南端的銅山（福建東山島）建立水寨增加游兵（機動艦隊）的巡邏來監視專門從南海北上的不明艦船，實行了對現有防線縱向推進/據點加密方略。此些記錄在《滄海紀遺》《漳州府志》
在1574年前，佛郎機炮是稀罕物，到1578年此物已經是海防標配，同時南兵開始淘汰弓箭，換裝鳥銃，在呂宋爭奪戰中，林必秀部下周英見識到林阿鳳的鳥銃（火繩槍）能有效殺傷身著鎧甲的西班牙士兵，增加了隊伍中鳥銃手比例；西方戰艦堅固，中國傳統海戰的硬撞難以取勝，明軍就立刻制造了大量火磚（內裝火藥毒煙，外以磚擊碎引火）萬人敵和噴筒（專門用于近距離燒毀敵船帆索）等火攻裝備來提高戰術。
廣船
從1576年到1580年，廣東新增艦船170余艘，其中中西新式戰艦11艘/閘船19艘/大廣船24艘/大型福船43/艘蒼山船70艘，皆裝備佛郎機炮，規定每次出海配備6-10門子母銃。福建新增福船一號39艘/二號57艘/趕繒船（船速快，機動性強，專門用于包抄和火攻）110余艘，合計200余艘。這時期明朝在南邊海防總體維持在400艘大小船只的常備巡邏隊，并進行每年的“歲修”制度來保持戰力。其記錄在《全廣海防圖》戚繼光的 《紀效新書》與《東西洋考》
閘船
1576年，廣東總兵張元勛所率的廣東艦隊在今汕尾碣石灣和陸豐甲子港徹底擊潰林阿鳳的殘部；史料：《明神宗實錄》卷五十：“（萬歷四年五月）廣東總兵官張元勛討平海寇林鳳……”
1578年，福建水師在南澳島使用大福船佛郎機炮火磚大敗倭寇和走私海商，余部逃竄。《福建通志》
1578年到1580年，在《東西洋考》等筆記中多次記錄明朝水師在澎湖和臺灣驅逐紅毛番。
至此明朝不再視西班牙人為單純的蠻夷，而是擁有火器的潛在威脅，這也是明朝海防的“中興期”，海防也從防倭寇轉為防番船與管商船并重，為后面強制全面開海鋪平道路。
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