樣本切多厚、panel 怎么選？空間原位實(shí)驗(yàn)難點(diǎn)一次解答（附實(shí)戰(zhàn)手冊）

當(dāng)你拿到寶貴的組織切片，準(zhǔn)備開展一次空間原位實(shí)驗(yàn)時，腦海中是否盤旋著這些實(shí)際問題：樣本該切多厚？新鮮冷凍和石蠟包埋的流程有何不同？幾百個基因的 panel 該如何設(shè)計？數(shù)據(jù)量巨大，又從哪里看起？

對于任何計劃將單細(xì)胞數(shù)據(jù)升級到空間維度的研究者來說，這些實(shí)操細(xì)節(jié)，遠(yuǎn)比「樣本是否稀有」更令人卻步。 無論你的樣本是穿刺得來的一小塊，還是常規(guī)手術(shù)標(biāo)本，一份清晰的「實(shí)戰(zhàn)手冊」，往往比理論講解更能讓你安心地邁出第一步。

Xenium 空間原位技術(shù)可以絲滑破局這些問題：一張切片可同時解析數(shù)千個基因、蛋白和形態(tài)學(xué)，幫你從實(shí)驗(yàn)規(guī)劃到腫瘤微環(huán)境免疫亞群、阿爾茨海默病病理分析一步到位。想讓您的單細(xì)胞數(shù)據(jù)無縫躍升至空間原位層面？我們?yōu)槟砹?strong>【Xenium 空間原位技術(shù)實(shí)戰(zhàn)手冊】（包含實(shí)驗(yàn)規(guī)劃指南、樣本制備避坑及前沿研究案例等），掃碼下方二維碼，即可免費(fèi)領(lǐng)取。

精彩內(nèi)容搶先看

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實(shí)驗(yàn)規(guī)劃第一步：八個核心問題助您理清思路

在正式開展空間原位分析前，先問自己這 8 個問題，能幫你少走幾個月彎路：我想回答什么科學(xué)問題？需要哪些設(shè)備或經(jīng)驗(yàn)？樣本該如何保存、切片、放置？如何選擇靶點(diǎn)？細(xì)胞分割怎么實(shí)現(xiàn)？數(shù)據(jù)怎么分析和可視化？存儲空間夠不夠？——在資料包中針對這些問題都逐一給出了答案。

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樣本制備避坑指南：新鮮冷凍與 FFPE 的切片厚度、溫度及放置技巧

新鮮冷凍樣本：推薦切片厚度 10 μm，刀片溫度 -20℃、樣本頭溫度 -10℃。長時間切片時，建議短暫關(guān)閉冷凍室以使溫度平衡。

FFPE 樣本：推薦切片厚度 5 μm，水浴溫度 42℃。首次運(yùn)行前建議使用非實(shí)驗(yàn)組織塊進(jìn)行 HE 染色練習(xí)，并優(yōu)化切片參數(shù)。

組織放置：Xenium 載玻片樣本區(qū)約 236 mm2，切片之間不重疊即可。制備好的載玻片可儲存長達(dá)兩個月，無需當(dāng)日立即上機(jī)。

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四種靶點(diǎn)選擇路徑，適配不同研究需求

預(yù)設(shè)計基因組合：針對特定生物靶點(diǎn)，采用數(shù)據(jù)驅(qū)動策略設(shè)計，可直接使用。

附加定制：在預(yù)設(shè)計組合基礎(chǔ)上添加最多 100 個自定義基因。

完全定制：針對大多數(shù)具有完備轉(zhuǎn)錄組注釋的物種，設(shè)計多達(dá) 480 個基因。

蛋白質(zhì)亞組合：可同時檢測 23 種蛋白質(zhì)及 4 種細(xì)胞分割標(biāo)志物，實(shí)現(xiàn) RNA 與蛋白同片共檢。

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細(xì)胞分割的多模態(tài)算法：三步定邊界

Xenium 機(jī)載軟件自動完成細(xì)胞分割：第一步直接推斷細(xì)胞邊界，可區(qū)分 0 個、1 個或多個細(xì)胞核；第二步對有單個細(xì)胞核的細(xì)胞進(jìn)行內(nèi)部分割；第三步對缺失邊界或內(nèi)部染色的細(xì)胞進(jìn)行細(xì)胞核擴(kuò)展，擴(kuò)展距離為 5 μm（或直至遇到另一個細(xì)胞的邊界）。每個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄本分配清晰可追溯。

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數(shù)據(jù)分析和可視化工具

運(yùn)行結(jié)束時即可獲得可解讀的數(shù)據(jù)，無需額外等待。免費(fèi)桌面軟件Xenium Explorer支持任意縮放、平移及單條轉(zhuǎn)錄本的可視化。數(shù)據(jù)以開放格式輸出，亦支持第三方工具進(jìn)行深度擴(kuò)展分析。

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實(shí)戰(zhàn)案例速覽（資源包內(nèi)附完整報告）

腫瘤微環(huán)境：利用 380 基因的 Xenium 人類免疫腫瘤學(xué)組合，在卵巢癌、肺癌、胰腺癌和腦癌樣本中精準(zhǔn)區(qū)分癌細(xì)胞、免疫細(xì)胞與基質(zhì)細(xì)胞，識別 T 細(xì)胞耗竭、三級淋巴結(jié)構(gòu)及膠質(zhì)母細(xì)胞瘤假柵欄結(jié)構(gòu)。

阿爾茨海默病模型：采用定制 347 基因的小鼠大腦組合，定位 Aβ 斑塊周圍 50 μm 內(nèi)活化膠質(zhì)細(xì)胞的富集及多種斑塊誘導(dǎo)基因（PIG）的上調(diào)，空間分辨率達(dá)到亞細(xì)胞水平。

內(nèi)容策劃：王丹琦

內(nèi)容審核：朱卿

題圖來源：圖蟲創(chuàng)意