河北
編輯丨&
在谷歌 DeepMind 發(fā)布了針對藥物發(fā)現(xiàn)的更新版 AlphaFold3 近兩年后，其生物制藥衍生公司 Isomorphic Labs 宣布了更強大的人工智能模型——而且他們對此保密。
這家總部位于倫敦的 Isomorphic Labs 在一份 27 頁的技術(shù)報告中宣傳其「藥物發(fā)現(xiàn)引擎」——即 IsoDDE——的能力，該報告于 2 月 10 日發(fā)布 。包括對蛋白質(zhì)與潛在藥物及抗體結(jié)構(gòu)相互作用的精確預(yù)測在內(nèi)的成就，令該領(lǐng)域科學(xué)家印象深刻。
https://zenodo.org/records/18606681
但與已經(jīng)向研究人員開放并取得深入研究成果的 AlphaFold 不同，IsoDDE 是專有的，技術(shù)論文對如何實現(xiàn)類似結(jié)果幾乎沒有提供見解。
藥物-蛋白質(zhì)相互作用
AlphaFold 3 的開發(fā)初衷是藥物發(fā)現(xiàn)。與其諾貝爾獎得主前身 AlphaFold2 不同，該模型能夠預(yù)測蛋白質(zhì)與其他分子相互作用的結(jié)構(gòu)——包括潛在藥物。
類似的 AI 仿照 AlphaFold 3，已擁有接近它的完全體的性能，并開發(fā)出了新能力。一個名為 Boltz-2 的開源模型，由麻省理工學(xué)院劍橋分校的科學(xué)家開發(fā)，并于去年發(fā)布。其可以預(yù)測潛在藥物與蛋白質(zhì)結(jié)合的強度，或藥物的結(jié)合親和力。這是開發(fā)治療藥物的關(guān)鍵特性，通常通過計算密集型的物理方法進(jìn)行預(yù)測。
圖示：英偉達(dá)托管下的 Boltz-2。
根據(jù) Isomorphic 的報告，他們推出的新 AI 在確定結(jié)合親和力方面優(yōu)于 Boltz-2 和基于物理的方法。報告稱，預(yù)測抗體——這些是每年銷售額數(shù)百億英鎊的療法基礎(chǔ)——與其靶標(biāo)的相互作用，也是最先進(jìn)的技術(shù)。
該研究團隊表示，IsoDDE在具有挑戰(zhàn)性蛋白質(zhì)-配體結(jié)構(gòu)預(yù)測泛化基準(zhǔn)測試上的準(zhǔn)確率是AlphaFold 3的兩倍多，預(yù)測小分子結(jié)合親和力的準(zhǔn)確度超過了基于黃金標(biāo)準(zhǔn)的物理方法，且時間和成本都極低，并且能夠僅用氨基酸序列作為輸入，準(zhǔn)確識別目標(biāo)蛋白上的新型結(jié)合口袋。
圖示：IsoDDE 功能特性。
研發(fā)團隊通過多個實例證明，他們能成功模擬復(fù)雜的分布外事件，如誘導(dǎo)擬合（蛋白質(zhì)調(diào)整形狀以適應(yīng)結(jié)合配體）和隱蔽囊（缺乏結(jié)合配體時隱藏的隱蔽囊）——這些關(guān)鍵的生物學(xué)機制，即使這些系統(tǒng)與此類模型的訓(xùn)練集相距甚遠(yuǎn)。
除此之外，IsoDDE 還在抗體設(shè)計與親和力預(yù)測等測試中全方面優(yōu)于現(xiàn)有模型，且它還能協(xié)助發(fā)現(xiàn)大腦蛋白上的一種新型隱蔽位點，這項技術(shù)突破為以往無藥可施的靶點帶來了新的治療視角。
圖示：在一系列公開基準(zhǔn)測試中具有約束力的親和力預(yù)測表現(xiàn)。
AlQuraishi 表示，他對 IsoDDE 能夠預(yù)測與模型訓(xùn)練數(shù)據(jù)截然不同的分子藥物-蛋白質(zhì)相互作用的能力印象深刻。「這才是真正難題，也說明他們一定做了些相當(dāng)新穎的事情，」他說。
秘密武器
Isomorphic 總裁 Max Jaderberg 表示，IsoDDE 背后的模型「與其他項目有著深刻不同」。但公司無意透露其背后的「秘密武器」。Jaderberg 補充道：「就像大多數(shù)大型機器學(xué)習(xí)和人工智能進(jìn)步一樣，它是計算、數(shù)據(jù)和算法的結(jié)合。」他希望團隊的報告能「激勵」其他構(gòu)建藥物發(fā)現(xiàn)人工智能團隊的努力。
武田制藥計算結(jié)構(gòu)生物學(xué)家 Diego del Alamo 在劍橋的社交媒體網(wǎng)站 X 上寫道：「這份報告是在與業(yè)界廣泛合作并可能訪問其私人結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)之后發(fā)布的，因此我們尚不清楚這些額外數(shù)據(jù)對 IsoDDE 表現(xiàn)的影響有多大。」
Isomorphic 與強生、禮來和諾華等制藥公司達(dá)成了潛在價值數(shù)十億英鎊的藥物開發(fā)協(xié)議。它也有自己的內(nèi)部研發(fā)流程，臨床試驗即將啟動。Jaderberg 表示，公司開發(fā)了與技術(shù)報告不同版本的 IsoDDE，包括與合作伙伴合作，包含了不同的數(shù)據(jù)源。
https://www.nature.com/articles/d41586-026-00365-7
特別聲明：以上內(nèi)容(如有圖片或視頻亦包括在內(nèi))為自媒體平臺“網(wǎng)易號”用戶上傳并發(fā)布，本平臺僅提供信息存儲服務(wù)。
Notice: The content above (including the pictures and videos if any) is uploaded and posted by a user of NetEase Hao, which is a social media platform and only provides information storage services.
