河南
在中華民國的最后一年，整體的主基調是李宗仁新桂系和蔣介石黃埔系之間的斗爭，而在這個過程中，孫科往往被視為蔣介石派系的一員。
事實上情況并非如此，孫科確實偏向蔣氏，但是在1949年的國民黨內部斗爭中，孫科其實是自成一派的，他既反對李宗仁，同時也反對蔣介石。
而這，也是孫科最終未能在1949年赴臺的直接原因……
“光榮的和平”
1948年底到1949年初，隨著金圓券破產，遼沈戰役和淮海戰役的相繼失敗，關于讓蔣介石引退下臺的呼聲正在愈發強烈。
為首的主要人物是新桂系的二號角色白崇禧，他手里有權有兵，不害怕蔣介石的威脅，所以旗幟鮮明。
而除了新桂系之外，事實上國民黨內的文官群體，即孫科、于右任、張群、邵力子，甚至還有黃埔系的張治中，他們都在隱隱倒向讓蔣介石下臺的一派。
淮海戰役第一階段結束后，蔣介石似乎也無望繼續執政，在臨下臺前，他同意孫科出任行政院長。
這也是日后人們普遍將孫科視為蔣介石一派的原因，蔣氏任命孫科的原因，是因為他需要一個“和談的幌子”，而孫科則是蔣氏認為合適的人選。
孫科對我黨，認為不能全盤通過軍事手段解決問題；對蘇聯，認為應當團結；對美國，孫科曾經一度試圖打造憲法限制蔣介石的權力，所以美國將其視為自由主義者。
但是這并不妨礙，孫科本質上也希望蔣介石趕緊走人，所以兩人在一定程度上，也是對立的。
但是孫科亦沒有完全組閣的資格，比如他就無法做主讓張治中加入他的內閣，在很大程度上他依然受制于人。
而在孫科組閣之際，正是我軍正在著手圍殲杜聿明集團之際，新桂系的李宗仁和白崇禧趁機逼宮，蔣介石無奈答應在元旦引退下野。
但是就在此時，我黨公布了國民黨戰犯名單，李宗仁、白崇禧、蔣介石、孫科都赫然在列。
蔣介石很是惱火，于是更改了自己新年文告的相關內容，表示內戰責任完全應該由我黨承擔，他倒是把自己的責任給撇清了。
同時蔣介石還強調，無論是戰是和，都需要他來領導，實際上等于撤銷了自己先前做出的下野承諾。
孫科對這次講話有兩個不滿，其一不滿蔣介石將內戰責任全部歸咎于中共，這不利于接下來的和談，其二孫科也希望蔣介石下臺。
所以他很快就做廣播講話，傳達了自己的這種觀點，甚至頗有深意地說，1946年國共曾經達成了和平建國之綱領，和解決各種爭端的絕體方案。
如果當時我們能將各種方案及時實行，試問今日之中國，又當是何等的繁榮昌盛？
接下來的廣播，就是孫科對于和談的種種主張了，但是毫無疑問的是，孫科的這一番發言，肯定狠狠的得罪了蔣介石。
在新桂系和孫科內閣的共同壓力下，蔣介石被迫在1月21日宣布下野，但是蔣氏下臺后，孫科和新桂系的矛盾就立刻展露無遺。
孫科所謂的光榮和平，實際上是希望暫時停火，待國民黨穩定江淮局勢后，再和我黨爭取最好的和談條件，最終達成建立聯合政府的目的。
新桂系這邊的訴求則很簡單，劃江而治，江北我們不管了，但是江南你們也別管，但是新桂系也不是非得達成這個目的。
如果這個目的無法達成，李宗仁打算自己全面代表國民黨談判，以建立聯合政府，所以首要任務就是和我黨一起先排除蔣介石和黃埔系。
所以孫科和李宗仁在取得和平的方式上，是存在矛盾的，同時孫科和蔣介石也有矛盾，因為在李宗仁全盤掌握局面后，蔣介石就開始秘密展開戰略撤退了。
他試圖將自己的武裝向東南和西南轉移，以建立以西南和臺灣為核心的戰略基地。
但是孫科“光榮和平”的前提是保住江南，蔣介石的行為無疑對“光榮和平”十分不利。
但是相互比較起來，孫蔣與李宗仁的矛盾是當下的主要矛盾，孫科和蔣介石的矛盾是次要矛盾，李宗仁和孫科的矛盾，也是次要矛盾。
只是孫科在三方中勢力最小，所以最先被搞掉，繼蔣介石之后，被迫去職。
經過這一系列事件，蔣介石對孫科也十分不滿，以至于后來國民黨去臺之際，蔣介石甚至都沒有通知孫科去臺灣，孫科也只能先去香港，后去了美國。
最終赴臺
1949年12月10日，蔣介石從成都逃亡臺灣，自此之后再未回到大陸，國民政府也就此徹底消亡。
當時的孫科尚且還是國民黨中央執行委員，但是蔣介石沒有通知在香港的孫科去臺灣，反而一再阻撓孫科赴臺。
1950年3月1日，蔣介石在臺灣復任“總統”，當時有傳言說孫科會來臺灣出任“副總統”，但是很快報紙上就出現了大量攻擊孫科的報道。
孫科也不想去臺灣，便申請前往美國，臺灣當局又以種種理由拒絕發放護照，直到1950年秋天，孫科才取道印度、希臘前往法國定居。
兩年后，孫科通過其他手段前往美國，和已經在美多年的子女團聚。
在美國期間，臺灣的蔣介石對孫科不聞不問，國民黨在美國的各種機構和孫科也沒有往來，孫科在美國的朋友也都是在大陸的故友。
只有陳誠還算厚道，1961年陳誠“訪美”時，給孫科打了一通電話問候，但是也僅此而已。
在美國的初期，孫科日子還算尚可，但是因為沒有固定收入，只能依靠子女寄來的生活費，孫科一家也只能省吃儉用。
孫科無疑是非常苦悶的，大陸方面倒是和孫科還有聯系，并且屢次邀請其回大陸，但是孫科對大陸又對抗情緒，不愿意回家。
當時間來到六十年代，蔣介石似乎也放下了當年的種種，孫科在臺灣的朋友也開始為其活動，1962年10月，蔣介石明確表示，歡迎孫科來臺灣。
1964年，臺灣出資在美國成立“中華文化教育基金會”，并且推舉孫科成為董事長，孫科這才和臺灣方面建立聯系，并且得到了臺灣方面發放的工資。
1965年10月29日，窮怕了的孫科從美國乘坐飛機返回臺灣，在松山機場受到了蔣經國等2000余人的歡迎。
這樣的場面很是盛大，孫科很是感動，一度潸然淚下，但是來到臺灣后的孫科，并未擔任什么重要職務，多為閑職。
孫科對此也無所謂，他是真的窮怕了，有工資拿不比什么強？直到1973年9月13日，孫科病逝于臺灣前，他都還掛著這些閑職……
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